El UNFPA inició su trabajo en El Salvador desde 1973 en tres áreas de trabajo: educación en población, salud materno infantil, políticas y datos sociodemográficos, los cuales eran administrados por el PNUD. Fue en 1984 cuando se instaló la oficina del UNFPA y se iniciaron los ciclos de cooperación con las firmas de los Programas de País firmado con el gobierno de turno, manteniéndose las tres áreas de trabajo iniciales.

En 1994, en el marco de la reunión de Cairo, lo que se había venido manejando como salud materno infantil pasó a ser Salud Sexual y Reproductiva; educación en población cambió a educación de la sexualidad, género y advocacy; y lo que se trabajaba como datos sociodemográficos se convirtió en lo que es ahora Población y Desarrollo. Llegando así en el 2006 a la firma el sexto Programa de País junto con el Gobierno de la República de El Salvador. Este sexto Programa establece un mutuo acuerdo de cooperación que se concretizó en el Plan de Acción del Programa de Cooperación 2007-2011, en el que se delimitan las tres áreas temáticas que tendrán un especial énfasis en esta labor conjunta:

1. Componente de Salud Reproductiva, a través del cual se espera, entre otras cosas, que la Salud Sexual y Reproductiva (SSR), así como la prevención del VIH-SIDA con un enfoque de género y derechos sean incorporadas en la política nacional de salud pública. Se espera además que las parlamentarias y funcionarios claves de las instituciones del Estado, incluyendo a actores sociales, hayan sido informados y sensibilizados sobre las mismas temáticas anteriores, propiciando además la capacitación técnica y gerencial al personal de salud para la prestación de servicios integrales de calidad en SSR, generando condiciones que permitan el acceso a tales servicios.
   
   
2. El Componente de Población y Desarrollo apoyará el proceso de actualización de la base estadística sociodemográfica nacional (especialmente el Censo de Población y Vivienda) y el fortalecimiento del sistema estadístico nacional. Así mismo, se fortalecerán las capacidades nacionales y locales para el diseño, gestión y evaluación de políticas públicas que consideren las variables de población y sus vínculos con el desarrollo.
   
   
3. Componente de Género, que siendo uno de los nuevos componentes del UNFPA, se centrará en el fortalecimiento de instituciones nacionales, incluyendo la sociedad civil, para abogar y promover la equidad e igualdad de género y los derechos de las mujeres, adolescentes y las niñas en el marco de los Objetivos de Desarrollo del Milenio (ODM). Además, desde este componente se impulsará un trabajo para que instituciones nacionales, que velan por la protección de la mujer, jóvenes, adolescentes y personas adultas mayores, sean fortalecidas para la reducción de la violencia basada en género, incluyendo la participación de los hombres.